AutoCAD的缺省目录结构将程序和支持文件按逻辑关系分组，并使用树状结构的目录和子目录来实现。如图29-1所示。 其中，AutoCAD系统主文件夹所在位置及名称可在安装时由用户指定，主文件夹内的组织结构由AutoCAD自动设定，其中各子文件夹的说明见表29-1。 表29-1AutoCAD系统目录结构说明

说明以上显示的目录结构为AutoCAD2002版，2000版中还有一个“Express”目录，用于存放快捷工具文件，但没有“WebDepot”目录。
除此之外，AutoCAD还会建立其他一些专用的目录，例如在引导磁盘中的“ProgramFiles”文件夹里面的“CommonFiles”子文件夹中，建立了一个名为“AutodeskShared”的目录，用于存放AutoCAD公用文件；在系统收藏夹中建立一个名为“Autodesk”的目录，作为AutoCAD系统的收藏夹；以及在操作系统目录中的“AppclicationData”中建立其他一些存放AutoCAD文件的目录。
专家提示用户应将自己定义的文件与AutoCAD系统的程序和支持文件分开存放。这样更容易查找可能的冲突，并可以单独升级某个应用程序，而不影响其他应用程序。